Džeko je osuđen na 10 godina zatvora za ubistvo, odnosno sudjelovanje u strijeljanju, šestorice ratnih zarobljenika, pripadnika Hrvatskog vijeća obrane (HVO) nakon pada Trusine 16. aprila 1993. godine, a na sedam godina zatvora za ubistvo dvoje civila, supružnika Ivanković, također u Trusini, te mu je određena jedinstvena kazna od 12 godina zatvora.
Tužilaštvo BiH je dokazivalo da se u slučaju strijeljanja šest zarobljenih osoba radilo o tri pripadnika HVO-a i troje civila, ali Sud BiH je utvrdio da je, ipak, bilo riječ o zarobljenicima, pripadnicima HVO-a. Džeko je oslobođen optužbi za ubistvo civilne ženske osobe, Kate Drljo.
Utvrđeno je da je učestvovao u privođenju i pritvaranju civila na području Jablanice, ali je Sud ocijenio da za to nije bio odgovoran jer je kao vojnik postupao po naređenju, dok krivica za maltretiranje i premlaćivanje civila u Jablanici nije dokazana. Također, oslobođen je i optužbi za pljačkanje imovine civila i ratnih zarobljenika, zbog manjkavosti u činjeničnom opisu optužnice.
U optužnici se, između ostalog, navodilo da je optuženi Džeko za vrijeme rata u BiH i u vrijeme oružanog sukoba između Armije RBiH i HVO-a, kršio pravila međunarodnog prava, te učestvovao u ubistvu, mučenju, nečovječnom postupanju, protivzakonitom zatvaranju i pljačkanju imovine civila i ratnih zarobljenika u selu Trusina (općina Konjic) i na lokalitetima Rogića kuće – Donja Jablanica i Restorana "Prenj“ (općina Jablanica).
Predsjedavajući Sudskog vijeća Šaban Maksumić je izjavio da će u kaznu Džeki biti uračunato vrijeme koje je proveo u pritvoru od 20. decembra 2011. do 3. juna 2013. godine. On je istakao kako smatra da je izrečena kazna srazmjerna i adekvatna, te je pojasnio da je Sud cijenio težinu i posljedice zločina koje je optuženi počinio, a da su kao olakšavajuće okolnosti uzete činjenice da je porodičan i otac dvoje djece, da ranije nije osuđivan, te da se korektno držao na sudu.
Džeko je boravio u Sjedinjenim Američkim Državama, odakle je deportiran po zahtjevu Tužilaštva BiH, zbog sumnje da je učestvovao u ratnim zločinima. Međutim, njegova odvjetnica Vasvija Vidović tvrdi da Džeko nije deportiran po zahtjevu Tužilaštva, već da je samoinicijativno želio da se suoči sa pravdom.
"Razočarana sam jer je Sud zasnovao svoju odluku na osnovu iskaza ubica, odnosno izvršilaca ovih zločina koji su imali itekakav motiv da prebace odgovornost i svjedoče protiv mog branjenika. Uvjerena sam da Džeko nije kriv, jer je on sam pokrenuo inicijativu da dođe u BiH i suoči se sa pravdom", kazala je Vidović, dodajući kako će se žaliti na presudu.