Optuženi se tereti da je u vremenskom periodu od mjeseca maja 1993. do mjeseca marta 1994. godine, za vrijeme rata i oružanog sukoba između Armije R BiH i HVO-a, u svojstvu komandanta 1.radne vojne Vojne policije HVO, te 1. lakojurišne vojne VP HVO, te komandanta koji je pod kontrolom imao sve jedinice HVO-a na području Mostara, postupao protivno odredbama međunarodnog humanitarnog prava i Ženevskih konvencija o zaštiti civilnih osoba.
U optužnici se navodi da su, u okviru širokog i sistematičnog napada snaga HVO-a i Vojne policije HVO, na bošnjačko civilno stanovništvo na području Mostara, počinjeni zločini nad žrtvama bošnjačke nacionalnosti.
Navedeni zločini su počinjeni prisilnim etničkim čišćenjem, prisilnim progonom i premještanjem žena i djece na teritoriji pod kontrolom A RBiH, nezakonitim zatvaranjem bošnjačkog stanovništva u više logora i objekata za zatvaranje, mučenjem i zlostavljanjem žrtava, prisilnim odvođenjem žrtava u živi štiti ili na prinudne radove na prvoj liniji bojišnice, prilikom čega su bili izloženi vatrenim dejstvima i dovođeni u opasnost po život.
Također, zločini su počinjeni i prisilnim tjeranjem zatočenika da obučeni u odore HVO-a, bacaju zapaljive predmete na objekte pod kontrolom Armije R BiH, što ih je izlagalo opasnosti da budu ubijeni, mučenjem i zlostavljanjem zatvorenika i nanošenjem teških tjelesnih povreda koje su prouzrokovale trajne povrede i invaliditet kod žrtava.
U optužnici se navodi, da su izvođenja na prinudne radove, obavljanja uz odobrenje i saglanost optuženog Jelića, te da je uslijed prisiljavanja na rad na prvoj liniji, smrtno stradalo najmanje 50 žrtava, a 188 je teže i lakše ranjeno, dok je oko 40 žrtava mučeno i fizički zlostavljano od pripadnika HVO-a.
Također, optuženi se tereti i da je odobravao odvođenje zatvorenika iz logora, na prinudne radove na imanjima pojedinih dužnosnika HVO-a, kao i prisiljavanje zatočenika na utovaranje i prijevoz opljačkane imovine stanovništva bošnjačke i srpske nacionalnosti na području Mostara.
Optuženi Jelić tereti se da je znao i odobrio počinjenje zločina, te da nije ništa poduzeo da zločine spriječi niti kazni počinitelje.
Počinjenim zločinima, izvršen je progon i etničko čišćenje velikog broja stanovnika Mostara bošnjačke i srpske nacionalnosti.
Optužnica protiv Zlatana Mije Jelića, koji se tereti za krivično djelo zločin protiv čovječnosti iz člana 172. KZ BiH, jedna je od najopsežnijih optužnica za zločine počinjene na području Mostara.
Radi se o predmetu Kategorije 2, u kojem je istraga započeta u tužilaštvu Haškog tribunala, nakon čega je predmet proslijeđen na procesuiranje Tužilaštvu BiH.
Tužilaštvo BiH će odgovornost optuženog dokazivati pozivanjem više od 200 svjedoka, od kojih će više od 20 svjedočiti uz mjere zaštite, a uz optužnicu je priloženo više od 1.100 dokaznih materijala.
S obzirom da se optuženi nalazi u bjekstvu i na području Republike Hrvatske, bit će raspisana međunarodna tjeralica i od vlasti u Hrvatskoj bit će zatraženo izručenje optuženog ili njegovo procesuiranje u pravosudnim institucijama Hrvatske, a o svemu će biti informirano i tužilaštvo Haškog tribunala.
