Njegov humanitarni rad bio je rasprostranjen širom Amerike, a radio je sa Fondacijom "Make A Wish" i Specijalnom olimpijadom. Posjećivao je pučke kuhinje i skupljao novac organizujući bokserske večeri poznatih.
"Uvijek sam želio biti više od boksera. Više od trostrukog šampiona teške kategorije. Želio sam iskoristi svoju slavu i ovo lice koje znaju svi da pomognem ljudima širom svijeta i inspirišem ih", rekao je Ali.
Religijska tolerancija je igrala važnu ulogu u njegovom životu. Bio je posvećeni musliman, ali se redovno sastajao sa liderima drugih vjera kako bi i sam imao bolje razumijevanje u religije svijeta.
"Rijeke, jezera i potoci imaju različita imena, ali oni sadrže vodu. Religije imaju različita imena, ali one sadrže istu istinu. Mislim da ljudi naše religije trebaju tolerirati i razumjeti ljude koji vjeruju u druge stvari. Sramotno je što se tolerancije nije dogodila ranije", rekao je Muhammad Ali za CNN u emisiji o napadu 11. septembra.
Ujedinjeni narodi imenovali su ga Glasnikom mira 1998. godine zbog rada na razvoju nacija.
"Ali je došao u UN 1978. godine s porukom mira i produhovljenosti. On spaja ljude svih rasa propovijedanjem ozdravljenja svima, bez obzira na rau, religiju ili godine. Godinama ali je nemilosrdni zastupnik ljudi u potrebi, značajni humanitarac u razvijanju svijeta, podržava inicijative za pomoć i razvoj i ručno dostavljanje hrane i lijekova bolnicama, djeci na ulici i siročadi u Africi i Aziji", stoji na stranici UN-a.
Ali je putovao sa Fondom Disarm obrazovanje i Direktna međunarodna pomoć kako bi dostavio 1,2 miliona dolara vrijedne medicinske potrepštine i lijekova Kubi 1998. godine. Donio je humanitarnu pomoć i na Obalu Slonovače. Imao misijske puteve u Afganistan i Sjevernu Koreju kako bi promovisao dobru volju. Kada je Nelson Mandela oslobođen 1990. godine, Ali je otišao u Južnoafričku Republiku da ga upozna.
U Kentuckyju je osnovao Centar Muhammad Ali 2005. godine s ciljem da pomogne zajednici. Fokus je na obrazovanju, programima koji promoviraju jednakost spolova i inspirisanje globalnog državljanstva.
"Danas imamo veliku potrebu za herojima poput mog oca, posebno u sportskoj kulturi atlete jure slavu samo zbog zarade i obaranja rekorda. Malo svijesti o odgovornosti popratne slave. Izražavam svoju zahvalnost ocu. Pomaganje strancima u potrebi uvijek je bio njegov nezasitni nagon", rekla je Alijeva kćerka Hana 2011. godine.