Spahić, koji će gotovo sigurno zauzeti svoje mjesto u odbrani Zmajeva na večerašnjoj utakmici protiv Kipra u Nikoziji, dres Bosne i Hercegovine večeras će obući po 85. put u svojoj karijeri. Dosadašnji rekorder po broju nastupa za državni tim bio je Zvjezdan Misimović koji se oprostio od nacionalnog dresa po okončanju Svjetskog prvenstva u Brazilu.
Istu odluku u augustu 2014. donio je i Spahić, ali se tri mjeseca kasnije predomislio, te se na nagovor Safeta Sušića u reprezentaciju vratio na utakmici protiv Izraela u Haifi. Za reprezentaciju Bosne i Hercegovine Emir Spahić je debitovao 7. juna 2003. godine na utakmici protiv Rumunije u Krajovi. Od tog dana do danas postao je nezamjenjiv dio odbrane Zmajeva, a sa klupe je počeo još svega jedan meč i to onaj u Francuskoj igran u augustu 2004.
Iako igra na poziciji stopera Spahić je uspio postići i tri pogotka tokom dosadašnje reprezentativne karijere. Pogađao je mreže Japana, Armenije i Portugala.
Od aprila 2008. do juna 2014. Spahić je u reprezentaciji nosio kapitensku traku koja je od ljetos vlasništvo Edina Džeke.
