Perez će svoju funkciju obavljati i u naredne četiri godine, odnosno do 2025. godine. U periodu između 27. februara 2006. i 1. juna 2009. godine, što znači 1.190 dana ili tri godine, tri mjeseca i tri dana, Perez nije bio na čelu madridskog kluba, a i prije tog perioda je bio uspješan.
Španski biznismen je dobio novi mandat nekoliko dana nakon što je na svojoj funkciji dočekao jubilarnu hiljaditu utakmicu Reala. ovo je ukupno šesti mandat za Pereza u španskom klubu, a tokom njegove "vladavine" su Madriđani osvojili 47 titula od kojih 39 u posljednjem desetljeću. Naravno, ističu se trofeji u Ligi prvaka.
Perez je uveo novine u klub, a od svojih početaka je počeo dovoditi najbolje igrače poput Luisa Figa, Zinedinea Zidanea, Ronalda Nazarija, Davida Beckhama i drugih. Također, modernizovao je stadion Santiago Bernabeu te je izgradio sportski grad u Valdebebasu.
Florentino je iz kluba otišao u februaru 2006. godine, ali se na zadovoljstvo navijača vratio 2009. godine. Krenuo je u obnovu ekipe te je doveo zvijezde poput Cristiana Ronalda, Kake i Karima Benzeme.