Iako su za iskusnog nogometaša zanimanje pokazivali Zaragoza i Roma, on se radije odlučio za klub iz Avellanede u kojem je i počeo karijeru. Potpisao je trogodišnji ugovor.
Milito je nešto ranije tokom četvrtka raskinuo ugovor s Barcelonom koji je vrijedio do sljedećeg ljeta. U Independiente je tako došao kao slobodan igrač.
Iz istog se kluba 2003. otisnuo prema Europi, a prva mu je stanica bila Zaragoza u kojoj je ostao četiri godine. Na Camp Nou stigao je 2007., ali u je četiri godine odigrao tek 75 utakmica za aktuelnog evropskog prvaka. Godine u Barceloni su mu obilježile povrede, a najtežu je zadobio u dvoboju protiv Manchester Uniteda u polufinalu Lige prvaka 2008. Završio je na operaciji koljena nakon čega je 18 mjeseci izbivao s terena.
Za argentinsku reprezentaciju Milito je odigrao 42 utakmice.
