Od 13 evropskih reprezentacija i 299 igrača, popularni Miske je jedini reprezentativac koji učestvuje na Mundijalu, a ne igra u klubovima na Starom kontinentu. Misimović sa velikim uspjehom nastupa za kineski Guizhou Renhe.
Reprezentativnu karijeru je počeo u dresu U18 selekcije Jugoslavije, a zaigrao je na Evropskom prvenstvu u Finskoj 2001. godine. Nakon toga je pozvan u U21 reprezentaciju Jugoslavije, za koju je u novembru 2002. godine odigrao sam jedan meč. Razlog tome je bila odluka tadašnjeg selektora Vladimira Petrovića Pižona, koji je tvrdio da Misimović ima previše kilograma i da je spor.
Godine 2004. je tadašnji Misimovićev saigrač iz Bayerna i reprezentativac BiH Hasan Salihamidžić ukazao na mogućnost da Zvjezdan zaigra za BiH. U reprezentaciju ga je 2004. godine pozvao tadašnji selektor Blaž Slišković, a Misimović je prihvatio poziv i prvi put obukao dres BiH 18. februara 2004. godine protiv Makedonije.
U narednim godinama je izrastao u jednog od najboljih igrača našeg državnog tima, a u kvalifikacijama za Svjetsko prvenstvo u Brazilu je odigrao značajnu ulogu.
Misimović je danas rekorder po broju nastupa za BiH, odigrao je 82 utakmice, a mrežu protivnika je zatresao 26 puta.
