Emir Spahić je rođen 18. augusta 1980. godine u Dubrovniku, njegov otac je iz Crne Gore, a majka iz BiH. Karijeru je počeo u Čeliku iz Zenice, gdje je proveo jednu sezonu, od 1998. do 1999. godine. Nakon toga je nastupao za GOŠK iz Dubrovnika, do 2001. godine. Njegov sljedeći klub je bio NK Zagreb, za koji je igrao tri sezone.
Spahićev talent nije ostao neprimijećen, pa je karijeru nastavio u inostranstvu. Po jednu sezonu je odigrao za ruske klubove Shinnik Yaroslavl i Torpedo iz Moskve, a onda je od 2006. do 2009. godine nosio dres moskovskog Lokomotiva. Nakon respektabilne karijere u Rusiji, Spahić je otišao u Francusku, gdje je dvije godine proveo u Montpellieru.
Godine 2011. je uslijedio veliki transfer u Sevillu, za koju je odigrao 39 utakmica i postigao jedan pogodak. Tokom 2013. godine se vratio u Rusiju te je kao posuđen igrač nastupao za Anzhi. Iste godine je realiziran njegov transfer u Bayer iz Leverkusena, čiji je i danas član.
Spahić je poznat kao veoma borben i temperamentan igrač na terenu, a ponekad je znao podijeliti i poneki šamar.
Spahić na tržištu trenutno vrijedi 2,5 miliona eura.
Reprezentacija BiH
Iako je rođen u Hrvatskoj, Spahić je odlučio nastupati za reprezentaciju BiH. Odigrao je 15 utakmica za mladu selekciju naše države, a potom je od 2003. godine član A reprezentacije BiH. Debitovao je 7. juna protiv Rumunije i od tada je veoma važan član Zmajeva. Do sada je odigrao 72 utakmice, a postigao je tri pogotka.
U kvalifikacijama za SP u Brazilu u supervažnoj utakmici protiv Slovačke u Žilini Spahić je asistirao Erminu Bičakčiću za izjednačujući pogodak, a potom je Izet Hajrović fenomenalnim golom donio pobjedu Zmajevima, koja je značila ostanak na prvom mjestu u grupi.
Reprezentacija BiH je na kraju kvalifikacija osigurala direktan plasman na SP u Brazilu, što će biti prvo veliko takmičenje u njenoj historiji.
Navijači iz Mostara uz Hrvatsku u Glasgowu, potvrdio je to transparent uz šahovnicu
