Hoeness je u Bayernu kao igrač i funkcioner proveo čak 49 godina.
Igračku karijeru u klubu je počeo 1970. godine i postigao je 108 pogodaka u 329 utakmica, a nakon prestanka igranja postao je najmlađi generalni menadžer u Bundesligi 1979. godine.
Na mjesto predsjednika došao je 2009. godine naslijedivši Franza Beckenbauera, a nakon što je osuđen na zatvorsku kaznu povukao se 2014. godine. No, nakon izlaska iz zatvora 2016. je sa 98,5 posto glasova ponovo izabran za predsjednika.
Bayern je pod njegovim vodstvom u posljednjih 40 godina postao najveći klub u Njemačkoj sa osvojenih 20 titula, 11 kupova i dvije Lige prvaka.
Sinoć je Hoeness u suzama održao oproštajni govor, a za njegovog nasljednika imenovan je nekadašnji izvršni direktor Adidasa Herbert Hainer.
Hoeness će ostati u Nadzornom odboru Bayerna do isteka ugovora 2022. godine.
