Dudaković i drugi su optuženi za zločine protiv čovječnosti koji obuhvataju ubistva više od 300 osoba, progone i zlostavljanja civila i ratnih zarobljenika, kao i uništenja 38 pravoslavnih hramova, crkava i vjerskih objekata.
Prema optužnici, Dudakovića i ostale se tereti za zločine protiv čovječnosti počinjene na području općina Bosanski Petrovac, Ključ, Bosanska Krupa i Sanski Most te za ratni zločin protiv civilnog stanovništva na području općina Bihać i Cazin.
Tijela jednog dijela žrtava pronađena su nakon rata i ekshumirana iz više pojedinačnih i masovnih grobnica, a za dijelom ubijenih se još uvijek traga.
Dio optužnice za Atifa Dudakovića se odnosi na ratne zločine počinjene nad žrtvama bošnjačke nacionalnosti, pripadnicima i pristalicama NO AP Zapadna Bosna, za vrijeme sukoba u Cazinskoj krajini, na području općina Bihać i Cazin.
Tužilaštvo će navode optužbe dokazivati pozivanjem 447 svjedoka i 6 stručnih vještaka te prilaganjem više od 1.100 dokaznih materijala.
Dudaković je uhapšen 27. aprila ove godine. Njegovo hapšenje naišlo je na brojne osude i izazvalo val okupljanja podrške širom BiH.
U više navrata, osvrćući se na navode o pripremi optužnice, Dudaković je novinarima u intervjuima govorio kako nije ratni zločinac i da je časno branio svoju zemlju i narod.
Dudaković je bio komandant odbrane Bihaća i oslobodilačke operacije ''Sana 95'', tokom koje je za četiri dana Peti korpus oslobodio okupirane teritorije i ušao u dubinu Republike Srpske na oko 120 kilometara. Istovremeno je ratovao s Vojskom Srpske krajine, Vojskom Republike Srpske, Vojskom Jugoslavije i zloglasnim "Crvenim beretkama" Milorada Ulemeka Legije te Narodnom odbranom Fikreta Abdića.