Jasno je definisano Poglavlje VI koje se odnosi na sastav delegacije BiH u okviru zajedničkih tijela BiH i EU za nadgledanje primjene Sporazuma o stabilizaciji i pridruživanju, a posebno način odlučivanja i funkcionalnost donošenja odluka.
Dogovoreno je da se sve odluke donose konsenzusom, a da su sve institucije na svim razinama obvezne osigurati prisustvo svojih predstavnika na sjednicama tijela. Predviđena su i rješenja za osiguranje funkcionalnosti Mehanizma koordinacije.
Kvorum za održavanje sastanaka i usvajanje odluka u tijelima, kako je definirano sporazumom "obavezno čine ovlašteni predstavnici Vijeća ministara, Vlade RS-a i Vlade FBiH i kantona, a u skladu s ustavnim nadležnostima za materiju koja se razmatra na sjednici, odnosno koja je predmet odluke".
Sve odluke usvojene u različitim tijelima sistema koordinacije mogu biti preispitane pred višim tijelom u sistemu koordinacije u roku od 10 dana od njihovog donošenja, a od strane ovlaštenih predstavnika Vijeća ministara, Vlade RS i Vlade FBiH.
"U slučajevima kada neko od tijela u sistemu koordinacije ne usuglasi poziciju povodom određenog pitanja isto će biti upućeno višem nivou u sistemu koordinacije zaključno sa kolegijem za europske integracije koji se sastaje i djeluje u skladu s članom 4 ove odluke", navodi se između ostalog u sporazumu u koji je Fena imala uvid.
