Više je mjeseci trajala burna rasprava o najavi hrvatskog premijera Zorana Milanovića da će hrvatski parlament napokon potvrditi taj kontroverzni Sporazum, ali to se nije dogodilo. Godinu dana kasnije čini se da je Vlada odustala od ratifikacije. Konačna odluka nije još donijeta, međutim, u Banskim dvorima ističu da ovo pitanje nije na dnevnom redu.
"Sve smo manje zainteresirani za ratifikaciju jer o tome u BiH zapravo nemamo s kim razgovarati. U susjednoj, vrlo složenoj državi zapravo ne postoji politička volja za ratifikaciju tog Sporazuma, pa je onda upitno trebamo li mi to učiniti", rekao je za Novi list visoki dužnosnik iz hrvatske Vlade.
Početkom septembra 2012. premijer Milanović ustvrdio je da će Vlada, u brzom, razumnom vremenu, uputiti Sporazum u saborsku proceduru, no prvo je to prebačeno za ovu godinu, zatim za period nakon evropskih i lokalnih izbora, a sada je sve izvjesnije da će brižljivo pripreman dokument, kojim se definira hiljadu kilometara dugačka granica između BiH i Hrvatske, ostati mrtvo slovo na papiru.
U BiH je glavni protivnik Sporazuma premijer Republike Srpske Milorad Dodik koji je otvoreno prijetio da će njegovi zastupnici u državnom parlamentu zaustaviti ratifikaciju, zbog nezadovoljstva graničnim rješenjima oko rijeke Une. Bez glasova barem dijela zastupnika Dodikove stranke, ratifikacija nije moguća. Ali, ni političke snage u BiH nisu dosad, osim načelne podrške Sporazumu, napravile konkretne korake u pravcu ratifikacije. Tek je ministar prometa BiH Damir Hadžić povremeno upozoravao Hrvatsku da ratificira sporazum Izetbegović-Tuđman, jer će se inače granica određivati međunarodnom arbitražom, no dalje od toga u BiH se nije išlo.
U Hrvatskoj je opozicija Sporazumu raznovrsna i snažna. Razlog su dvije hridi u Malostonskom zaljevu, Veliki i Mali Škoj, te vrh poluotoka Kleka koji bi pripali BiH. Zato je kampanju protiv ratifikacije vodio vrh Crkve, tvrdeći da bi se Hrvatska time odrekla dijela suverenog teritorija. S jednakom je argumentacijom nastupalo više kartografskih stručnjaka kao i opozicija na čelu s HDZ-om.
Iako je njihov utemeljitelj Tuđman potpisao Sporazum, HDZ-ovci ga godinama odbijaju potvrditi. Jedan od njih, Vladimir Šeks, čak je doveo u pitanje Tuđmanovu uračunljivost u trenutku kad je stavljao svoj potpis, objašnjavajući da je pokojni predsjednik tada već bio teško bolestan, pa je doveden u zabludu. U HDZ-u je samo Jadranka Kosor, čija je vlada 2010. također razmatrala mogućnost ratificiranja Sporazuma, naglašavala prije godinu dana da ta stranka ne može ignorirati nešto što je potpisao Tuđman. I takav tvrdi stav parlamentarne opozicije sigurno je utjecao na odlučnost Milanovićeve vlade da Sporazum pošalje u Sabor.
Iako je hrvatski premijer izražavao spremnost i da, u skladu s tumačenjem da u ovom slučaju nije riječ o promjeni nego tek o utvrđivanju granice, isključivo glasovima zastupnika Kukuriku koalicije, običnom većinom, provede ratifikaciju. Zadnji je put taj postupak propao 2005., kad je Vlada Ive Sanadera, nakon završetka višegodišnjeg posla detaljnog iscrtavanja granice na čemu je radila zajednička komisija Hrvatske i BiH, predložila zakon kojim bi se Sporazum potvrdio. Taj prijedlog, međutim, nije ni došao u Sabor jer su se pobunili HDZ-ovci s juga Hrvatske, primarno iz Dubrovačko-neretvanske županije, pa se Sanader povukao. Prema svemu sudeći to će sada napraviti i Milanović.
