Pravna borba je počela nakon što mu je ugovor o radu prekinut po odlasku s Kliničkog centra Univerziteta u Sarajevu i prelaska u Opću bolnicu "Prim. dr. Abdulah Nakaš". Otkaz na KCUS-u je dao krajem decembra 2017., a u Općoj bolnici je počeo raditi mjesec kasnije.
Gavrankapetanović je tužio Medicinski fakultet zbog nezakonitog raskida radnog odnosa, a kao obrazloženje za neobnavljanje ugovora navedeno je da je odlaskom sa KCUS-a ostao bez nastavne baze.
Medicinski fakultet u Sarajevu od septembra 2018. godine odbija provesti odluku Upravnog odbora Univerziteta u Sarajevu i vratiti profesora Gavrankapetanovića u nastavni proces.
Općinski sud u Sarajevu u oktobru je posljednji put Medicinskom fakultetu izrekao kaznu od 4.000 KM i dekanesi Semri Čavaljugi od 2.000 KM jer nisu postupili po zaključku suda od 20. februara 2019. godine, kojim je bilo naloženo da Gavrankapetanović u potpunosti bude vraćen na posao. Čavaljuga se oglušila i na naredbe rektora Univerziteta u Sarajevu Rifeta Škrijelja da Gavrankapetanovića vrati na posao.
Gavrankapetanović je redovni profesor za naučnu oblast hirurgija - predmet ortopedija na Katedri za hirurgiju Medicinskog fakulteta.
