Krajišnik je prvobitno osuđen na 20 godina zatvora, ali je predsjednik Tribunala Theodor Meron, početkom jula ove godine, donio odluku o njegovom prijevremenom oslobađanju nakon što je odslužio dvije trećine zatvorske kazne.
Krajišnika je Haški tribunal 2009. godine proglasio krivim zbog njegove uloge u progonima, deportacijama, te prisilnom premještanju nesrba tokom rata u Bosni i Hercegovini, i to u 35 općina, uključujući Zvornik, Banju Luku, Prnjavor, Bijeljinu, Bratunac, Bosansku Krupu, Sanski Most, Trnovo i Sokolac.
U presudi Tribunala se, uz ostalo, navodi da je tadašnja Srpska demokratska stranka (SDS) krajem oktobra 1992. godine osnovala ratnu skupštinu bosanskih Srba na čelu sa Krajišnikom. Skupština je odmah počela sa uspostavom paralelnih struktura vlasti, te 12. maja osnovala i vojsku na čije čelo je postavljen Ratko Mladić, kome se trenutno sudi u Hagu zbog ratnih zločina počinjenih u BiH.
Momčilo Krajišnik je većinu kazne – devet godina – proveo u pritvoru Tribunala, ali je zadnje četiri i po godine proveo u zatvoru u Velikoj Britaniji. Iste godine nakon izricanja konačne presude Tribunala, Krajišnik je prebačen na izdržavanje kazne u zatvor u Velikoj Britaniji. Nakon godinu dana provedenih u zatvoru, napisao je prvu molbu za prijevremeno puštanje na slobodu, koja je odbijena.
Iz presude Tribunala: Nacionalna mržnja i etničko razdvajanje
"Za utjecaj SDS-a na skupštinu bosanskih Srba bila je značajna uloga Krajišnika, kao predsjednika skupštine i kao istaknutog člana SDS-a. Vijeće je saslušalo i iskaze prema kojima je Krajišnik blagonaklono gledao na izražavanje nacionalne mržnje i podsticanje straha u skupštini bosanskih Srba. Transkripti sjednica predočeni Vijeću pokazuju da u periodu na koji se odnosi optužnica on niti jednom nije opomenuo poslanike radi uvreda izrečenih na račun drugih nacionalnih grupa. Povremeno se i sam služio takvim izrazima. Zahvaljujući ovlaštenjima koja je kao predsjednik skupštine bosanskih Srba imao, Krajišniku je bilo lako da promoviše stavove o etničkom razdvajanju", navodi se u presudi Haškog tribunala.
"Prema mišljenju Vijeća, sveukupni doprinos Krajišnika udruženom zločinačkom poduhvatu činilo je pomaganje uspostavljanja i održavanja stranačkih i državnih struktura SDS-a kao instrumenata počinjenja zločina... On je imao ovlasti da interveniše, ali nije bio zainteresovan za sudbinu zatočenih i protjeranih osoba. Krajišnik je želio da se muslimansko i hrvatsko stanovništvo u velikom broju iseli sa teritorija bosanskih Srba i prihvatao je da se mora platiti teška cijena u patnjama, smrti i razaranjima koji su bili potrebni za ostvarivanje srpske dominacije i održive državnosti. Vijeće je konstatovalo da je Krajišnikova uloga u počinjenju zločina bila ključna."
Meronova odluka: "Male su šanse" da će ponoviti djela za koja je osuđen
Prilikom donošenja odluke o prijevremenom puštanju na slobodu, sudija Theodor Meron je u obzir uzeo izvještaj koji je zatvorski supervizor poslao o Krajišniku, a u kojem se navodi kako je bio primjeren zatvorenik, koji je pohađao kurs engleskog i Biblije te išao u teretanu kako bi ostao u formi.
Također se navodi da je teško procijeniti rizik koji Momčilo Krajišnik eventualno predstavlja po okolinu, budući da je "uporno odbijao prihvatiti krivicu".
Ipak, kako je u obrazloženju svoje odluke naveo sudija Meron, Krajišnik je pokazao da je djelimično prihvatio odgovornost za zločine, mada je priznao da skuplja dokaze koje će priložiti zahtjevu za reviziju presude. No, Meron je odlučio, "male su šanse" da će ponoviti djela za koja je osuđen.
Predsjednik Tribunala je konstatovao i da je Krajišnik osuđen za "najokrutnije zločine koje čovječanstvo poznaje"; no, ipak je donio odluku da se može vratiti i živjeti tamo gdje su ti zločini počinjeni.
Sam Krajišnik je izrazio želju da se vrati u Republiku Srpsku i da radi u porodičnoj firmi, te da „radi na pomirenju tri naroda“.
"Gospodin Ne"
Momčilo Krajišnik je u julu 1990. bio među osnivačima Srpske demokratske stranke (SDS) čiji je lider bio haški optuženik Radovan Karadžić. Prvobitno je imenovan za predsjednika lokalnog odbora te stranke Novi Grad Sarajevo.
Od septembra 1990. bio je poslanik u Skupštini RBiH, a u decembru je imenovan za predsjednika ovog tijela. U julu 1991. godine je izabran u Glavni odbor SDS-a.
Krajišnik je bio učesnik mirovnih pregovora o BiH u američkom gradu Daytonu 1995. godine, a kasnije ga je Richard Holbroke, specijalni američki izaslanik za Balkan, opisao kao "Gospodin Ne", jer je bio beskompromisan tokom pregovora.
Krajišnik je od 1996. do 1998. godine obnašao dužnost srpskog člana Predsjedništva BiH. Uhapšen je na Palama u aprilu 2000. godine i prebačen u pritvor Haškog tribunala.
