Poslije kapitulacije Jugoslavije, aprila 1941. godine, nalazi se u Banjoj Luci kao šef Ureda za kolonizaciju. Uspostavlja vezu sa Narodnooslobodilačkim pokretom, pronalazi način i dostavlja municiju, sanitetski materijal i obavještenja na slobodnu teritoriju. Na banjalučkom aerodromu povezao se sa pilotom Franjom Kluzom i aviomehaničarom Milutinom Jazbecom s kojima priprema prelijetanje na slobodnu teritoriju. To im uspijeva u maju 1942. godine, avionom "Brege 19" slijeću na aerodrom Urije kod Prijedora među partizane.
Tokom prvog borbenog leta 4. jula 1942. godine Rudi Čajavec baca letke iznad Banje Luke i napada aerodrom Zalužani. U posljednjem napadu Rudi je ranjen i nije uspio da se prebaci na slobodnu teritoriju. Prinudno je sletio kod sela Kadinjana. Neprijatelj ga je opkolio, a da mu ne padne živ u ruke izvršio je samoubistvo. Odlikovan je Spomenicom 1941, Ordenom narodnog heroja i Ordenom zasluga za narod prvog reda.
Ispred škole u Kaknju, koja se nalazi u blizini stana u kojem je 1911. godine rođen Rudi Čajavec, 1986. godine postavljen je avion "Soko 522" u znak sjećanja na poznatog partizanskog avijatičara. U ratnom i postratnom periodu avion je devastiran. Avion je bio poklon Ratnog vazduhoplovstva Jugoslavije, a dopremljen je iz garnizona Rajlovac.
Ulica u Kaknju u kojoj je rođen Rudi Čajavec danas nosi njegovo ime, saopćeno je iz Općine Kakanj.