Zločin u Stupnom Dolu su počinile jedinice koje je predvodio komandant Ivica Rajić, a koje su istog dana ušle i u Vareš. Među nekoliko stotina vojnika HVO-a bile su jedinice pod nazivom ”Apostoli” i “Maturice” iz sastava HVO brigade “Josip ban Jelačić“ iz Kiseljaka, a zločin koji su počinili je rezultirao sa 38 ubijenih, od kojih je pored 17 ženskih osoba bilo i pet ubijene djece, a samo šest vojno sposobnih osoba.
Osim ovoga, 11 zarobljenih logoraša su žive zapalili u kući u Stupnom Dolu, a jedna osoba je preživjela “živu lomaču“.
Član Predsjedništva Bosne i Hercegovine Željko Komšić u obraćanju prisutnim kazao je da “u Stupnom Dolu ili u mnogim Stupnim Dolovima po Bosne i Hercegovini, u Srebrenici, nije prilika da se puno priča jer onima koji pate za nevino ubijenim ne može se ništa reći”.
"Nakon 30 godina ne postoje riječi, koje bi im olakašali bol i patnju. U Stupnom Dolu, kao uostalom i u drugim mjestima, sve se zna, da su ovdje ljudi ubijani samo zato što su bili Bošnjaci, muslimani. Zna se da su oni koji su to učinili, imali cilj, ali nema tog cilja zbog kojeg možete nanijeti zlo nevinom, nemoćnom, djetetu. Iz ovakvih mjesta možete naći snagu i način da srca svoje djece sačuvate od mržnje. Okrenimo se sebi, zapitajmo se učimo li šta sa ovakvih mjesta. Čovjek lako podlegne mržnji, treba snaga da joj se odupreš, a pogotovo treba snaga i mudrost da srca svoje djece sačuvaš od te iste mržnje, da ih ne zarazite mržnjom pa da se ponovo, ponovo događa generacijama koje dolaze iza nas", kazao je Komšić.
Ministar vanjskih poslova BiH Elmedn Konaković kazao je da presude u domaćim i međunarodnim sudovima jesu djelić pravde za stradanje u Stupnom Dolu, ali da se to ne može nazvati pravdom, već djelićem pravde.
"Slobodno se i šetaju i žive oni koji su povlačili obarače i pucali u djecu od tri godine, u staricu od 84 godine i sve između njih. Zato što taj nepravedni svijet u BiH nije djelovao onako kako je trebao. Zlo je živo, ne spava i ohrabreno je nedjelovanjem zbog bh. počinjenih zločina od agresora, zločini se danas dešavaju u čitavom svijetu", kazao je Konaković.
Naveo je da nakon 30 godina “dostajanstveno čuvamo sjećanje na naše najmilije, ali danas sa posebnom tugom zbog onog što gledamo u Gazi i Palestini”.
"Nikada nismo na zločine odgovarali osvetom, odgovarali smo časnom borbom za odbranu svoje domovine i na to svi zajedno možemo biti ponosni", kazao je Konaković.
Podsjetio je da se tokom agresije, kada je imala nepravedni embargo na uvoz oružja, BiH branila "zavezanih ruku".
"Reagovali smo na pojedinačne događaje koje izlaze iz časnih pravila ratovanja i među nama osuđivali one koji su pucali u civile. Zato svi mi pripadnici najčasnije armije ikada u svijetu imamo pravo danas dići svoj glas i zbog naših ali i zbog drugih stradanja, gladajući kako se civili ubijaju u Gazi, Palestini, Ukrajini... BiH treba sa posebnim glasom i pažnjom da cijelom svijetu još jednom šalje poruke i podsjeća kakvu je časnu odbranu vodila tokom agresije", kazao je Konaković.
Tokom rata u Bosni i Hercegovini, u logorima na području Varešu bilo je zatočeno oko 450 muškaraca Bošnjaka, koji su tokom zatočeništva bili izloženi torturama, a desetine žena i djece u Varešu je bilo mučeno, silovano ili seksualno zlostavljano od pripadnika HVO-a.
Za te zločine, Tribunal u Hagu je 2006. godine osudio Ivicu Rajića na 12 godina zatvora za zločin i kršenje Ženevske konvencije, što je pomenuti i priznao, a nakon odslužene dvije trećine zatvorske kazne, pušten je na slobodu. Osim njega, pred Kantonalnim sudom u Zenici 2007. je proglašen krivim i Dominik Ilijašević Como, a Miroslav Anić 2011. godine pred Sudom BiH, obojica na po 15 godina zatvora.
