Za pomenute zločine u Bosanskom Šamcu, Stanišić je prvostepeno osuđen na 12 godina zatvora.
Branilac Wyne Yordash tvrdio je da je prvostepenom presudom Stanišić, na osnovu pogrešno primenjenih pravnih standarda, proglašen krivim za pomaganje i podržavanje zločina koje su u Bosanskom Šamcu počinile Crvene beretke.
Stanišića (72) i Franka Simatovića Frenkija, saoptuženog operativca SDB Srbije, haški sud je 30. juna 2021. proglasio krivim za pomaganje i podržavanje progona, ubistva, deportacije i prisilnog premeštanja nesrpskog stanovništva iz Bosanskog Šamca.
"Stanišić nije bio igrač broj jedan, već sporedni učesnik, jedva umešan u operaciju… Nije utvrđeno da je Stanišić komandovao i jednom osobom u Bosanskom Šamcu“, rekao je njegov advokat koji je od suda tražio njegovo oslobođenje.