Šest ljiljana vezenih u zlatu: Koja je simbolika prve zastave Bosne i Hercegovine
Potreba za novim državnim obilježjima koji bi zamijenili dotadašnje komunističke pojavila se početkom 1990-ih. Najpogodonije je bilo posegnuti u srednji vijek kada je tadašnja srednjovjekovna Bosna imala heraldičke simbole. Cilj je bio istaći obnovljenu bosansku državnost, te istači nacionalnu neutralnost.
Sve je počelo 1991. godine
Odabirom simbola iz daleke prošlosti nastojalo se izbjeći podizanje nacionalnih tenzija koje su tada bile na vrhuncu. Početak rađanja nove bosanskohercegovačke zastave krenuo je 27. februara 1991. godine kada je Skupština SR Bosne i Hercegovine na prijedlog 86 poslanika donijela Odluku da se pristupi promjeni Ustava SR BiH, te da se donese ustavni zakon o nazivu i državnim simbolima Republike Bosne i Hercegovine.
Radna grupa je imenovala stručne grupe sastavljene od eminentnih naučnika koji su trebali odrediti izgled i grafičku prezentaciju novih državnih obilježja Republike Bosne i Hercegovine.
Stručnu grupu su činili iz Zemaljskog muzeja arheolog Hasan-Mirza Ćeman i historičar Tihomir Glavaš, iz Instituta za istoriju dr. Boris Nilević, a za potrebe vizuelnog oblikovanja idealnog rješenja angažiran je samostalni dizajner Zvonimir Bebek. U timu je bio i Enver Imamović, profesor starog vijeka na Filozofskom fakultetu u Sarajevu, dok je za koordinatora i sekretara stručne grupe izabran diplomirani pravnik Vedran Hadžović. Pravni konsultant u ime Ustavnog suda SR BiH bio je Kasim Trnka.
Višestruka simoblika
Predloženo je da osnovna boja nove zastave bude svjetloplava po po uzoru na boju zastave Ujedinjenih nacija. Također je predloženo da ona bude pravougaonog oblika i proporcija 5:3.
Stručna grupa je odlučila da bi novi državni simbol trebao biti ljiljan iz doba bosanskog kraljevstva, zbog toga što ne predstavlja nijednu posebnu etničku grupu u Bosni i Hercegovini. Također su preporučili da bi porijeklo ljiljana trebalo biti temeljeno na endemičnoj bosanskoj podvrsti koja raste na obroncima planina Igmana i Sutjeske Lilium bosniacum. Nadalje, sugerirano je da bi zastavno koplje trebalo završavati vrhom stiliziranog ljiljanovog cvijeta umjesto uobičajenog ratničkog koplja.
Novi simboli bili su predstavljeni kulturnim društvima Preporodu, Napretku, Prosvjeti i La Benevolenciji, kako bi se saslušale i usaglasile eventualne sugestije. Sva su društva pristala na predloženo rješenje, osim srpske Prosvjete, koja je bila stanovišta da sastavni dio nove zastave moraju činiti i srpska obilježja.
S obzirom na izbijanje rata stručna podgrupa nije bila u mogućnosti završiti svoj posao. Njihovi prijedlozi su trebali biti podvrgnuti ustavnoj proceduri, nakon čega bi slijedilo službeno proglašenje novih državnih obilježja. Međutim, cijeli proces je obustavljen jer se komisija raspala. Tada su Enver Imamović i Zvonimir Bebek samostalno nastavili rad i u roku od 40 dana izvršili "kozmetičke promjene" u kojima su promijenili boju obruba štita grba iz srebrne u zlatnu i osnovnu boju zastave iz svjetlo plave u bijelu. Također su dovršili rad na vojnim obilježjima, gdje je grb ostao isti kao i državni, s time da su iza štita bila prikazana dva ukrštena mača. Rad je završen početkom maja 1992. godine.
Ručno šivena zastava se zavijorila ispred UN-a
Predsjedništvo Republike Bosne i Hercegovine je na svojoj sjednici od 4. maja 1992. godine (Uredba br. 02-011-343/92.) prihvatilo ponuđena rješenja za grb i zastavu bez ikakvih primjedbi, čime su ti simboli postali zvanična državna obilježja, kao privremeno rješenje, dok su prečišćenim tekstom Ustava RBiH iz 1993. godine, članom 7. za grb i članom 8. za zastavu, usvojeni kao trajno i konačno rješenje.
Ručno šivena zastava Republike Bosne i Hercegovine se nešto kasnije 22. maja 1992. godine zavijorila ispred zgrade generalne skupštine Ujedinjenih Naroda.
Sporazumom u Dejtonu predviđeno je da Bosna i Hercegovina dobije nova obilježja o kojima su se trebale dogovoriti buduće vlasti, a do tada bi bila važeća zastava RBiH. Bošnjačka i hrvatska strana su pristajale na "neutralna" rješenja, no srpska je zahtijevala da se na novoj zastavi nađu nacionalni simboli.
Kako se nije mogao postići dogovor, novu zastavu je 1998. godine nametnuo tadašnji visoki predstavnik Carlos Westendorp, a ona je uz blage izmjene i dalje važeća.