Sistemom koordinacije procesa evropskih integracija definirani su institucionalni i operativni sistem i način ostvarivanja koordinacije institucija u BiH na provođenju aktivnosti vezanih za proces integracije u Evropsku uniju, zajednička tijela, njihov sastav, nadležnosti i međusobni odnosi. Koordinacija procesa evropskih integracija podrazumijeva aktivnosti koje se provode u cilju osiguranja što većeg stepena usklađenosti i koherentnosti u radu institucija svih nivoa vlasti u BiH vezane za izvršenje ugovornih obaveza iz Sporazuma o stabilizaciji i pridruživanju, kao i drugih iz procesa evropskih integracija.
Sistem koordinacije uređuje i način ostvarivanja komunikacije između institucija u Bosne i Hercegovine, sa ciljem osiguranja i iznošenja usaglašenog stava ispred Bosne i Hercegovine u komunikaciji sa institucijama Evropske unije.
Koordinacija se zasniva na načelima poštivanja postojeće unutrašnje pravne i političke strukture u BiH i zaštite ustavima definisanih nadležnosti svih nivoa vlasti i njihovih institucija u pojedinim oblastima obuhvaćenim procesom evropskih integracija, osiguranja vidljivosti, te odgovornosti svih nivoa vlasti za blagovremeno i djelotvorno ispunjavanje obaveza iz procesa evropskih integracija iz njihove nadležnosti.
Riječ je o mehanizmu koji omogućava i podrazumijeva efikasnu uvezanost nivoa vlasti u Bosni i Hercegovini na državnom, entitetskim i kantonalnim nivoima. To je preduslov da Bosna i Hercegovina o svim pitanjima tokom pregovaračkog proces u sklopu evropskih integracija nastupa s jedinstvenim stavovima.
