Sporni dug je nastao u periodu 2002-2012. godine usljed neplaćanja doprinosa i poreza. Nakon uočavanja niza nepravilnosti računovodstvene službe u radu i izmirivanju obaveza vezanih za uplatu poreza i doprinosa, kao i izvještaja revizorske kuće Farmaceutski fakultet je kontaktirao Kantonalno tužilaštvo 22. 3. 2013. s ciljem utvrđivanja činjeničnog stanja. Kantonalno tužilaštvo je angažiralo Federalne inspektore koji su izvršili po nalogu tužioca potpunu kontrolu obračunavanja i plaćanja poreznih obaveza iz okvira nadležnosti Porezne uprave FBiH. Zapisnik o inspekcijskom nadzoru dostavljen je Farmaceutskom Fakultetu u Sarajevu, gdje je za period od januara 2002. do juna 2013. godine evidentiran dug od 6,9 miliona KM s kamatama ili 4,5 miliona KM bez kamata.
"Zatečeni smo visinom duga i činjenicom da je gotovo nemoguće u ovome trenutku riješiti ovako visoki dug. Evidentno je da u ovih deset godina potpuno izostala kontrola poslovanja i blagovremenog inspekcijskog nadzora nadležnih institucija. Inspekcijskim nadzorom utvrđeno da su u vremenu nastajanja obaveza plaćanja postojala sredstva na transakcijkom računu, ali porezi i doprinosi nisu u punom iznosu. Rukovodstvo fakulteta intenzivno je radilo na pronalažanju najboljeg načina za izmirivanje utvrđenih dugovanja, a da se pri tome ne ugrozi egzistencija Fakulteta i njegovih studenata i uposlenika. Porezna uprava je do sada imala razumijevanja i mi smo veoma zahvalni, ali Farmaceutski fakultet u trenutnim uslovima ne može pronaći brzi model za izmirenje desetogodišnjeg duga o kome i nismo imali saznanja sve do 2013. Prostorije u kojima se odvija nastava nisu vlasništvo fakulteta, sredstva koja se doznačavaju fakultetu od strane Kantona Sarajevo jedva da pokrivaju plaće uposlenika, i nisu dovoljna za izmirenje duga", navode s ovog fakulteta.
S obzirom da postoji Rješenje o prinudnoj naplati, izdato od strane Porezne uprave, na Farmaceutskom fakultetu se boje posljedica koje ono može izazvati. Smatraju da je potrebno pokrenuti postupak zaključivanja sporazuma s Poreznom upravom FBiH o obročnoj otplati utvrđenih dugovanja, napraviti odgovarajući program naplate poreza, kojim bi se jasno definiralo kako se dugovanja moraju podmiriti, ali ipak uz određene pogodnosti.
Prof. dr. Davorka Završnik je u svojstvu dekana Farmaceutskog fakulteta, odmah po uočavanju određenih neslaganja u finansijskim izvještajima i drugim dokumentima, angažovala advokata i podnijela krivičnu prijavu Kantonalnom tužilaštvu u Sarajevu.
Takođe, u martu mjesecu 2013. godine Farmaceutski fakultet je podnio tužbu protiv banke preko koje posluje obzirom da su i u tom segmentu uočene određene nepravilnosti.
Farmaceutski fakultet trenutno ima oko 1.000 studenata i 65 zaposlenika. U slučaju blokade transakcijskog računa uslijed prinudne naplate dužnih poreza moglo bi doći do obustave nastave na Fakultetu čime bi direktno bila ugrožena prava studenata i zaposlenika.
