Vasiljković je optužen da je kao komandant jedinice za posebne namjene u sastavu paravojnih srpskih jedinica, odnosno kao komandant Nastavnog centra za obuku pripadnika specijalnih jedinica Alfa, postupao protivno odredbama Ženevske konvencije. Na teret mu se stavlja da je tokom juna i jula 1991. u zatvoru na kninskoj tvrđavi te tokom februara 1993. u Bruškoj kod Benkovca mučio, zlostavljao i usmrćivao zarobljene pripadnike hrvatske vojske i policije.
Osim toga tereti ga se i da je tokom jula 1991. u Glini, u dogovoru sa komandantom tenkovske jedinice JNA, izradio plan napada na tamošnju policijsku stanicu te prigradsko naselje Jukinac, sela Gornji i Donji Viduševac, a potom i njihovo zauzimanje. U optužnici se navodi kako su tokom napada oštećeni i uništeni civilni objekti, stanovništvo natjerano na bijeg, opljačkana imovina te ubijeni i ranjeni civili od kojih i jedan strani novinar.
Vasiljković je uhapšen u Perthu 2006. i od tada se nalazio u ekstradicijskom zatvoru, osim razdoblja koje je proveo na slobodi tokom 2009. i početkom 2010. nakon kojeg je temeljem odluke Vrhovnog suda ponovno uhapšen. Australska vlada tek je u novembru 2012. donijela odluku da će kapetana Dragana izručiti Hrvatskoj, nakon višegodišnjeg pravnog natezanja i Vasiljkovićevih pokušaja da ospori hrvatski zahtjev za izručenjem podnesen 2005.
Svoje izručenje Hrvatskoj uspio je odgoditi 2013. nakon što je sutkinja australskog suda prihvatila njegovu žalbu, kojom je tvrdio kako je u Australiji imao nepravedan proces zbog proceduralnih pogrešaka koje su suprotne Ženevskoj konvenciji. Australski Vrhovni sud odbacio je žalbu.
Hrvatskoj je izručen u julu prošle godine. Avionom je prvo sletio u Zagreb odakle je policijskim kombijem odveden u Split. Na odjelu za ratne zločine Županijskog državnog odvjetništva u Splitu nije odgovarao na pitanja te je negirao sve što mu se stavlja na teret.
U početku ga je po službenoj dužnosti branio splitski advokat Darko Stanić, a nekoliko mjeseci kasnije slučaj od 34.000 stranica preuzela je zagrebačka advokatica Slađana Čanković. Optuženi Vasiljković je rođen u Beogradu i ima australsko državljanstvo, a sve optužbe protiv sebe negira. Nakon sudjelovanja u pobuni u Hrvatskoj vratio se u Australiju. Do hapšenja je pod imenom Daniel Snedden živio u Perthu, gdje je bio trener golfa.
Optužnica protiv kapetana Dragana podignuta je u posljednjem trenutku. Rok do kada je optužnica trebala biti napisana isticao je 9. januara, što je subota i neradni dan. U slučaju da optužnica nije bila napisana do zakonskog roka Vasiljković bi trebao biti pušten da se brani sa slobode jer mu je u nekoliko navrata istražni zatvor bio produžavan. Slučaj protiv kapetana Dragana vode tužiteljice Živana Beroš i Sanda Pavlović Lučić iz Županijskog državnog odvjetništva u Šibeniku.