Keljmendi je optužen za više krivičnih djela, uključujući i "organizovani kriminal, upravljanje organizovanom kriminalnom grupom, teško ubistvo Ramiza Delalića u Sarajevu 2007. godine", saopšteno je iz STRK-a.
Slijede optužbe za "otkup, posjedovanje, distribuciju ili prodaju opasnih narkotika i psihotropnih tvari"; "proizvodnja i prerada opasnih narkotika i psihotropnih tvari", uključujući i iznos multiples od 100 kg heroina, 150.000 tableta ekstazija i 2,5 tona anhidrid sirćetne kiseline".
Naser Keljmendi je uhapšen 6. maja 2013. od Kosovske policije, na osnovu međunarodne potjernice izdate od strane vlasti BIH i od tada je u pritvoru na Kosovu.
U saopštenju iz STRK-a se navodi i da je 1. juna 2012. Odsjek za trezor, Sjedinjenih Američkih Država, Nasera Keljmendija identifikovao u skladu sa Zakonom o inostranim šefovima narkotika, kao trgovca narkoticima.
