Stanišić i Simatović su u pritvoru u Scheveningenu bili od 15. decembra, kada je Žalbeno vijeće poništilo prvostepenu presudu kojom su bili oslobođeni i naložilo da im se ponovo sudi. Predsjedavajući sudskog vijeća Faust Pocar je ocijenio da je prvostepeni sud pogriješio u primjeni zakona i tumačenju činjenica kada je presudilo da Stanišić i Simatović nisu bili sudionici udruženog zločinačkog poduhvata.
Obojica su optuženi za sudjelovanje u udruženom zločinačkom poduhvatu s ciljem prisilnog i trajnog uklanjanja nesrpskog stanovništva s velikog dijela teritorija Hrvatske i Bosne i Hercegovine između 1991. i 1995. godine.
Odluku o puštanju na privremenu slobodu do početka suđenja donijelo je Sudsko vijeće još 28. maja, a sada ju je potvrdilo i Žalbeno vijeće.
Kao jedan od razloga za privremeno oslobađanje, Stanišićeva odbrana je navela i njegovo zdravstveno stanje, "loše, ali stabilno", uz objašnjenje da je potreban nastavak liječenja u Beogradu.
Suđenje spomenutoj dvojici je počelo u juni 2009., a u maju 2013. oslobođeni su po svih pet tačaka optužnice. Optužnica protiv Stanišića i Simatovića bila je proširena 2006. te ih se po toj novoj optužnici teretilo za ličnu i zapovjednu odgovornost za progone na političkoj, vjerskoj i rasnoj osnovi.
Osim toga teretilo ih se i za zločine protiv čovječnosti, ubistvo, kršenje ratnog prava i običaja te likvidacije Bošnjaka iz Srebrenice, koje je izvela jedinica "Škorpioni", koja je direktno bila pod njihovom kontrolom.
Stanišića i Simatovića uhapsile su srbijanske vlasti tokom operacije Sablja, poslije ubistva premijera Zorana Đinđića 12. marta 2003. Simatović je predan Haškom sudu 30. maja te godine, a Stanišić 11. juna.