On je osuđen inicijalno u maju, ali je presuda potvrđena nakon što je veliki muftija, najviša egipatska religijska ličnost, dao svoje mišljenje.
Mursi je osuđen i na doživotnu kaznu u trak zbog špijunaže i saradnju s islamskom palestinskom grupom Hamasom. Njegove pristalice nazvale su ove optužbe lakrdijom.
Mursi je pobjegao iz zatvora Wadi Natroun u januaru 2011. godine i optužen je da sarađivao sa stranim militantima kako bi oslobodio svoje podanike tokom masovne zatvorske pobune i bijega. Mursi je izabran za predsjednika godinu dana kasnije na predsjedničkim izborima i zamijenio je Hosnija Mubaraka koji je vladao Egiptom 30 godina.
Mursija je svrgnula vojska u julu 2013. godine nakon masovnih protesta koji su održavani protiv njegove vladavine. Trenutno služi 20-godišnju kaznu zatvora jer je naredio hapšenja i mučenja demonstranata.
Govoreći o optužbama za špijunažu, sudija je rekao su pripadnici Muslimanskog bratstva "sarađivali sa palestinskim Hamasom kako bi se infiltrirali na istočne granice Egipta i napali zatvor". Šesnaest pripadnika Muslimanskog bratstva je također osuđeno na smrtnu kaznu jer su iznosili tajne dokumente u periodu od 2005. do 2013. godine.
Mursija je srušio šef vojske i sadašnji predsjednik Abdul Fattah al-Sisi i zatvoren je po raznim optužbama.
Na početku prvog suđenja 2013. godine vrištao je kako je bio žrtva vojnog udara. Od tada, Mursi je prisiljen da sjedi u staklenom kavezu u sudnici koji je specijalno dizajniran za njega kako ne bi ometao postupak.
