Mrkšić je od 2012. godine u zatvoru u Lisabonu po presudi Međunarodnog suda za ratne zločine u bivšoj Jugoslaviji (ICTY) koji ga je osudio na 20 godina zatvora zbog pomaganja i podržavanja mučenja, okrutnog postupanja i ubistva 194 hrvatska zarobljenika na farmi Ovčara u novembru 1991. godine.
Potpredsjednik srbijanske vlade i šef nacionalnog vijeća za suradnju s ICTY-jem Rasim Ljajić prekjučer je rekao da će zbog lošeg zdravstvenog stanja Mrkšića tražiti njegovo hitno puštanje na privremenu slobodu i liječenje u Srbiji.
Mrkšićeva kći Marija ranije je u pismu medijima navela da je njen otac od 22. jula u zatvorskoj bolnici zbog astme i fizičke iscrpljenosti, da su liječnici pretragama otkrili da boluje i od karcinoma pluća, te da je njegovo "stanje kritično i svakog trena može umrijeti".
U pismu je navela i da je od srbijanskih vlasti i ICTY-a zatražila njegovo privremeno puštanje na liječenje u Srbiju iz humanitarnih razloga, ali da još nije dobila odgovor.
Radio B92 javio je, pozivajući se na izvore iz srbijanske vlade, da će država Srbija snositi troškove prijevoza Mrkšićeva tijela iz Portugala i pogreba.
Mrkšić je na optužnici ICTY-a zbog zločina na Ovčari bio zajedno s časnicima bivše JNA Veselinom Šljivančaninom i Miroslavom Radićem. Dobrovoljno se predao Haškom tribunalu 15. maja 2002. godine i istog dana je prebačen u pritvor.
Suđenje je počelo u oktobru 2005. godine, a 27. septembra 2007., sudsko vijeće ICTY-a osudilo je Mrkšića na 20 godina zatvora za pomaganje i podržavanje mučenja, okrutnog postupanja i ubistva 194 hrvatska zarobljenika na farmi Ovčara 1991. godine.
Šljivančanin je osuđen na pet godina zatvora, a trećeoptuženi Miroslav Radić je oslobođen krivnje. Mile Mrkšić je rođen 1947. godine u Vrginmostu, na Kordunu.
