Još tokom boravka u rodnoj Argentini papa Franjo se snažno zalagao protiv vojnog režima koji je bio uspostavljen u toj zemlji. Za vrijeme vojne diktature (1976–1983), poznate kao "Prljavi rat" argentinski režim je uhapsio, mučio i pogubio desetine hiljada ljudi osumnjičenih za ljevičarske simpatije.
Iako nije bio politički aktivan javno, postoje brojna svjedočanstva da je u tajnosti pomagao progonjenima, skrivajući ih u samostanima. Također, postoje svjedočanstva da je papa Franjo tada kao mladi isusovac organizovao lažne identitete za one koji su bježali.

S druge strane, od 2013. godine kada je započeo njegov pontifikat desio se i ukrajinski rat u 2014. godine koji će kulminirati 2022. godini.
Papa Franjo je više puta izražavao solidarnost s ukrajinskim narodom, nazivajući Ukrajinu "mučeničkom" zemljom i pozivajući na prekid sukoba.
U februaru 2025. godine, na treću godišnjicu invazije, nazvao je rat "bolnim i sramotnim" za cijelo čovječanstvo, pozivajući na molitvu za mir u Ukrajini i drugim konfliktima širom svijeta . Vatican News

U obraćanju mladima iz Ukrajine u februaru 2025. godine, potaknuo ih je da budu patrioti, odbace rat i praktikuju oprost, uprkos izazovima koje donosi sukob.
U martu 2024. godine, Papa Franjo je izazvao kontroverze izjavom da bi Ukrajina trebala imati "hrabrost bijele zastave" i započeti pregovore s Rusijom.
"Netko će se možda osjećati posramljen, ali s koliko će mrtvih rat završiti? Treba pregovarati na vrijeme", rekao je papa Franjo.
Vatikan je kasnije pojasnio da Papa nije pozivao na kapitulaciju, već na traženje diplomatskog rješenja kako bi se izbjegle daljnje žrtve.
Papa Franjo je osudio korištenje religije kao opravdanja za rat. Istaknuo je da "ne postoji vjersko opravdanje za ruski rat protiv Ukrajine" i da "ne možemo ubijati u ime Boga" .
Rat u Gazi
Papa Franjo je u više navrata osudio izraelske vojne akcije u Gazi, nazivajući humanitarnu krizu "vrlo ozbiljnom i sramotnom". U novembru 2024. godine, Papa je izjavio da "ono što se događa u Gazi ima karakteristike genocida" i pozvao na pažljivo istraživanje kako bi se utvrdilo uklapa li se u tehničku definiciju genocida koju su formulirali pravnici i međunarodna tijela.
U decembru 2024. godine, tokom božićne poruke, istakao je da je "bombardovanje djece okrutnost, a ne rat", izražavajući duboku zabrinutost zbog stradanja civila.
Kao jedna od posljednjih poruka njegovog pontifikata jeste poziv na okončanje rata u Gazi, čime je još jednom pokazao posvećenost prekidu tog rata.