Od 1996. do 1998. godine je bio gradonačelnik Istočnog Sarajeva, kada je izabran za potpredsjednika RS-a. Na izborima 2000. postao je predsjednik Republike Srpske, a dvije godine kasnije izabran je za srpskog člana Predsjedništva BiH. Međutim, u aprilu 2003. podnosi ostavku. Godinu dana kasnije visoki predstavnik u BiH Pady Ashdown smjenjuje Šarovića s mjesta potpredsjednika SDS-a i zabranjuje mu političko djelovanje zbog neispunjavanja odredbi Dejtonskog sporazuma.