Amfilohije je zajedno sa ostalim liderima Srpske pravoslavne crkve aktivno učestvovao u agresiji na Bosnu i Hercegovinu. On je bio inspiracija za mnoge zločince. Negirao je genocid i sakrivao srpske ratne zločince. Nekim izjavama je šokirao, poput ove: Jeste da je strašno pobiti ljude, međutim, još je strašnija duhovna smrt koju siju oko sebe ti lažni ljudi, s lažnom vjerom (MUSLIMANI).