Tokom građanskog rata u takozvanoj BIH 1992. - 1995. do temelja je srušeno 125 pravoslavnih crkava i 66 parohijskih domova i drugih crkvenih objekata. U većoj ili manjoj meri je oštećeno 172 pravoslavnih crkava. Broj uništenih pravoslavnih grobalja nikada nije utvrđen. Ubijeno je barem 15 sveštenika Srpske pravoslavne crkve, mada se procenjuje da je taj broj poprilično veći, jer ima i dalje na desetine "nestalih" monaha, sveštenika i članova njihovih porodica.