Mustafa Jusufspahić je rođen 1970. godine u Beogradu, kao mlađi sin muftije beogradskog Hamdije Jusufspahića i Nabile. Njegov stariji brat je Muhamed Jusufspahić, predsjednik Vrhovnog sabora Islamske zajednice Srbije i ambasador Republike Srbije u Saudijskoj Arabiji.
Nakon završene osnovne škole “Petar II Petrović Njegoš” u Beogradu i Gazi Husrev-begove medrese u Sarajevu, upisao je studije teologije na Univerzitetu Al-Azhar u Kairu, gde je diplomirao 1997. godine. Od osnovne škole je trenirao fudbal u Fudbalskom klubu Partizan.