Prema haaškoj optužnici, teretilo ga se ubojstvo, nasilje nad životom osoba, okrutno postupanje, bezobzirno razaranje gradova, naselja i sela koje nije opravdano vojnom nužnošću, pljačku javne ili privatne imovine te uništavanje ili hotimično nanošenje štete institucijama posvećenim religiji (kršenje zakona i običaja ratovanja), kao i namjerno ubijanje, namjerno nanošenje velike patnje ili ozbiljne povrede tijela ili zdravlja, nečovječno postupanje, nezakonito zatvaranje
nezakonito zatvaranje civila i ekstenzivno uništavanje imovine koja nije opravdana vojnom nuždom, usmjereno protiv Srba, Hrvata i ostalih ne-Bošnjaka.[2]
S obzirom na to da je umro, međunarodni sud u Haagu zaustavio je proces protiv Alagića 21. ožujka 2003. godine.
kriv je što je bio na putu cijapanju bosne po sporazmu Tuđmana i Miloševića.
Sta je trebao da ga zadesi sudbina bosnjaka Kiseljaka, Busovace, Viteza, Kreseva, Vareša