Santorini se nalazi na rubu kratera drevnog vulkana čija je ogromna, kataklizmička erupcija, koja se dogodila oko 1600. godine prije nove ere, dovela do propasti minojske civilizacije. Smatra se da je snažna eksplozija izazvala tsunamije i klimatske promjene koje su značajno utjecale na tadašnje egejske kulture, posebice na Kretu, gdje su se nalazila glavna minojska središta.