U srednjovjekovnoj Bosni, Bošnjaci su bili pripadnici heretičkog vjerovanja i nisu priznavali ni katoličku ni pravoslavnu crkvu. Šta više, od ovih crkava im je konstantno prijetila opasnost progona; sam rimski papa je tijekom srednjovjekovne Bosne poslao nekoliko križarskih ratova na našu zemlju sa ciljem uništenja bošnjačke hereze (pr. 1235-38, 1358 i dr.). Prisilne konverzije heretičkih Bošnjaka na katoličanstvo, odnosno pravoslavlje, su postepeno uzimale svoga maha. Slomom Bosne od strane Turaka 1467 godine i kroz period Otomanske Bosne, Bošnjaci postepeno primaju Islam.