SEFER JE bio je autor "Direktive za odbranu suvereniteta i teritorijalnog integriteta RBiH" u kojoj je dao smjernice za odbranu RBiH od agresije sa istoka, ali i sa zapada kako je tada procijenio Halilović što se i obistinilo napadom HVO-a i HV na nezavisnu Republiku BiH. Nadalje, Sefer Halilović autor je koncepta odbrane Sarajeva od agresora koji je na sastanku decembra 1991. u Hrasnici odoborio Alija Izetbegović i po tom Halilovićevom konceptu urađena je šema odbrane Republike BiH od agresije. Isto tako, Sefer Halilović autor je inicijative da se JNA i sve njihove kasarne napadnu u BiH u isto vrijeme, da se u isto vrijeme sruše svi mostovi i tuneli prema Srbiji i da se sa srbijanskim vojnim i paramiliternim jedinicama onemogući da vojno interveniše i napadne nezavisnu Republiku BiH.