Zbog učešća u vlasti SDP i SBB pristale su na rješenja prema kojima su Bošnjaci ostali bez ključnih pozicija na državnom nivou. Tako su Bošnjaci u Državnoj agenciji za istrage i zaštitu (SIPA) izgubili pozicije zamjenika direktora i načelnika Regionalnog ureda u Mostaru, načelnika Centra za istraživanje ratnih zločina i komandanta Specijalne jedinice. Neke ključne organizacione jedinice od osnivanja vode Srbi ili Hrvati, a takva je i pozicija direktora SIPA-e. Osim toga, Bošnjaci su izgubili i poziciju direktora Uprave za indirektno oporezivanje, direktora Direkcije za evropske integracije, direktora Agencije za unaprijeđenje stranih investicija, a na važnim funkcijama direktora Granične policije BiH i Agencije za identifikacione dokumente i razmjenu podataka (IDDEA) su hrvatski i srpski kadrovi.