Početkom Drugog svjetskog rata zaustavlja se rad kluba. Nakon završetka rata klub se obnavlja i nastupa u prvoj ligi Bosne i Hercegovine koju osvaja i tako se plasira u prvu ligu Jugoslavije, u njenoj premijernoj sezoni 1946/47. Međutim nakon što je gradska vlast formirala novi klub "Torpedo" (kasnije Sarajevo) koji je trebao predstavljati najbolje iz BiH, većina igrača Željezničara dobija naređenje da pređe u novi klub. Odlukom političkih vrhova Željezničar je novoformiranom klubu Torpedo morao ustupiti svoje najbolje igrače: Lovrića (kapiten), Alajbegovića, Konjevoda, Lazarevića, Rajlića, Golca i Šilića. Jedini igrač koji je uspio odoliti svim ucjenama je Joško Domorocki.[5] Takav slijed događaja bio je poguban po Željezničar koji ispada iz prve lige, a period konsolidacije trajao je do sezone 1953/54 kada se PLAVI ponovo vraćaju u prvu ligu Jugoslavije.
Izvor: Stranica kluba na Wikipediji.
Rad kluba je zaustavljn nakon sto je isti odbio uz Velez i Hajduk da igra u ligi fasistitcke NDH drzave, to je bio hrabar i slobodarski potez ...klub je osnovan iz socijalne a ne nacionalne namjere kao suprotnost tada nacionalnim klubovima Osman,SASK,Dzerzelez..prvi predznak mu je bila skracenica RSK ZELJEZNICAR tj radnicki sportski klub,a grb je bio tocak sa krilima bez ikakvih nacionalnih i ideoloskih predznaka kako neki ovdje tvrde a zbog cinjenice da su u osnivanju ucestvovali radnici katollicke vjeroispovjesti a kao jedina kvalifikovana snaga u podizanju zeljeznickog transporta nakon dolaska Austro-Ugarske vlasti osim Hrvata ,bilo je i Madzara i Austrijanaca koji su dobili namjestenje posao u Sarajevu kao strucnjaci KV radnici iz oblasti zeljeznickog transporta sto je za pravoslavce i muslimane bila nepoznanica ....dakle klub je bio osnovan na socijalnoj radnickoj osnovi a ne na nacionalnoj u Sarajevu je postojao hrvatski sportski klub Napredak,.a Josko Domorocki mi je bio komsija