Nakon preuzimanja svih funkcija, pojačana je vojna prisutnost a srpska policija je postavila kontrolne točke po gradu. ICTY je zaključio da su mnogi Bošnjaci ubijeni tijekom napada srpske vojske na bošnjačka sela.[7] Deseci tisuća ljudi je protjerano iz regije, tako da je do 1997. prema procjenama Human Rights Watch-a ostalo još samo 600 Bošnjaka i 1405 Hrvata u Prijedoru. Hrvatski svečenik fra Tomislav Matanović je u rujnu 1995. "nestao". Katolička crkva i sve džamije u Prijedoru su razorene 1992.[8] U travnju 1994., službenici UN-a i Crvenog križa optužili su bosanske Srbe za ubijanje najmanje 19 civila (17 Bošnjaka i dva Hrvata) u tjedan dana u Prijedoru, u kako su opisali, "najgorem valu etničkog čišćenja zadnjih 18 mjeseci", sve sa svrhom strašenja nesrpskog stanovništva kako bi ono napustilo to područje. Napadači su bacali granata u kuće te potom ubijali i pljačakali ukućane. Prema procjeni, u proljeće 1992. između 40 i 60 Bošnjaka i Hrvata je tjedno napuštalo općinu Prijedor.[