Prva grupa udruženog zločinačkog poduhvata koja je stavljena na teret R. Karadžiću jeste tvrdnja optužnice da je on sudelovao u zločinima u periodu od oktobra 1991. do 30. novembra 1995, koji su imali za cilj da trajno uklone bosanske Muslimane i bosanske Hrvate sa teritorije za koju se tvrdilo da pripada bosanskim Srbima. Radi se o zločinima na teritoriji opština Bijeljina, Bratunac, Brčko, Foča, Rogatica, Sokolac, Višegrad, Vlasenica i Zvornik u istočnoj Bosni,
...kao i u tzv. Autonomnoj oblasti Krajina – u opštinama Banja Luka, Bosanski Novi, Ključ, Prijedor i Sanski Most, te u opštinama Hadžići, Ilidža, Novi Grad, Novo Sarajevo, Pale i Vogošća. U rezimeu presude, ovaj deo optužnice je označen kao sveobuhvatni zločinački poduhvat (overarching joint criminal enterprise)
...Povodom ovog dela optužnice sudsko veće je najpre utvrdilo da se radilo o planiranoj, dobro koordinisanoj akciji zauzimanja navedenih opština od strane vojnih snaga bosanskih Srba, posle čega su usledili brojni ratni zločini i zločini protiv čovečnosti.
Potom je Sud utvrdio da su brojni bosanski Muslimani i Hrvati bili uklonjeni sa mesta u opštinskim upravama, zatvoreni u 50 logora širom teritorije nabrojanih opština, u tim logorima držani u nehumanim, pa i neizdrživim životnim uslovima, jer nisu imali uopšte ili nedovoljno hrane i vode, niti uslova za lečenje, a u nekim od logora su bili mučeni i silovani (i žene i muškarci), prinudno odvođeni na frontove ili postavljani kao živi zid.[6]
Sledeća grupa zločina na ovom području sastojala se u tome što su, posle proterivanja, vlasti bosanskih Srba zauzimale imovinu proteranih. Takođe, masovno su rušene džamije i katoličke crkve, kulturni spomenici i tzv. sveta mesta u opštinama Bratunac, Bosanski Novi, Foča, Ključ, Novi Grad, Prijedor, Rogatica, Sanski Most, Sokolac, Zvornik, Bijeljina, Pale i Vogošća.
U obrazloženju, predsednik sudskog veća je izrekao da je utvrđeno, van razumne sumnje, da su za ova razaranja odgovorni ne samo neposredni počinioci, nego i članovi udruženog zločinačkog poduhvata, a među njima i Karadžić kao vodeća politička ličnost.[7]
Posebnu grupu krivičnih dela u okviru ovog sveobuhvatnog zločinačkog poduhvata, čine ubistva. Sud je utvrdio da su srpske snage ubile veliki broj bosanskih Muslimana i Hrvata u opštinama Hadžići, Ilidža, Novi Grad, Novo Sarajevo, Pale i Vogošća. Žrtve su ubijene ili u masovnim egzekucijama ili posle osvajanja ne-srpskih sela.
Takođe, žrtve su ubijane tokom pritvora, ili su izvođene iz logora i ubijane, ili su bivale pretučene do smrti. Nezavisno od posebno utvrđenih 26 slučajnih ubistava, sud je utvrdio postojanje masovnih namernih ubistava i ta ubistva kvalifikovao kao istrebljavanje bosanskih Muslimana i Hrvata.
Sud je zaključio da su ih počinili članovi srpskih snaga i članovi političkih i vladinih organa bosanskih Srba, i ta ubistva kvalifikovao kao povredu zakona i običaja rata. Ostala dela – ubistva, istrebljavanja, deportacije i ostale nehumane radnje (prinudno preseljenje), u okviru sveobuhvatnog zločinačkog poduhvata, Sud je kvalifikovao kao zločine protiv čovečnosti.