Chapecoense je crnim slovima u svoju historiju upisao 28. novembar 2016. godine jer se tada dogodila avionska nesreća u kojoj je poginula 71 osoba, uključujući gotovo cijeli tim. Nesreću su preživjeli lijevi bek Alan Ruschel, pomoćni golman Jakson Folmann te stoper Neto. Sam pad aviona je preživio i golman Danilo, ali je nažalost preminuo u bolnici.
Vijest da je avionu nestalo goriva te da se na slijetanje čekalo sedam minuta, iako je pilot obavijestio kontrolore leta, razbjesnila je navijače Chapecoensea, ali i cijeli svijet.
Klub sada suosjeća s Cardiffom, Nantesom, porodicom i prijateljima poginulog argentinskog nogometaša Emiliana Sale koji je smrtno stradao 21. januara u avionskoj nesreći. Njegovo tijelo je izvučeno iz olupine aviona na dnu mora u četvrtak nakon čega je identifikovano.
Na zvaničnoj Facebook stranici Chapecoense je objavio Salinu fotografiju uz natpis "Počivao u miru", kao i fotografiju svog i Flamengovog dresa uz poruku sućuti i podrške klubu i porodicama mladih nogometaša koji su preminuli u požaru.
"Izuzetno smo tužni i potreseni vijestima da je ozbiljan požar odnio mnogo žrtava. Želimo pružiti podršku našoj braći iz Flamenga i porodicama koje su pogođene ovom tragedijom. Naše misli i molitve su uz vas", poručili su iz Chapecoensea.
