Boutros Boutros-Ghali i rat u BiH: Smatrao je da se UN previše bavi bivšom Jugoslavijom
Mnogi su saglasni da je upravo za vrijeme mandata Boutros-Ghalija kao generalnog sekretara UN-a prikazana nesposobnost te organizacije zbog pasivnosti i nespriječavanja agresije na BiH.
Građani u BiH Boutros-Ghaliju vjerovatno nikada neće zaboraviti to što je on odigrao veliku ulogu u uvođenju embarga na uvoz oružja, čime je tadašnja Armija RBiH dovedena u težak položaj.
Boutros-Ghali je ostao upamćen i kao prvi Afrikanac na jednoj od čelnih pozicija u UN-u. Međutim, on se nije naročito iskazao ni kada je u pitanju rješavanje ratnih sukoba u Ruandi.
Veliki broj zločina tokom rata u BiH, pa i genocid u Srebrenici dogodili su se kao posljedica neodgovornosti UN-a, s obzirom da je Srebrenica bila zaštićena zona. Odgovornost UN-a pa time i Boutros-Ghalija potvrdio je bivši ambasador Venecuele pri UN Diego Aria, koji je svjedočio na sudu u Hagu i tom prilikom kazao kako nije bilo nikakve dileme šta će se dogoditi, te da je to i sam vidio boraveći u Srebrenici, dvije godine prije genocida 1995. godine.
Aria je istakao da Boutros-Ghali snosi punu odgovornost jer Vijeće sigurnosti UN-a nije upozorio na to šta se spremalo u Srebrenici.
Boutros Ghali nije imao podršku SAD-a, zbog njegove sporne izjave kako se UN previše bavi ratom na području bivše Jugoslavije. Zbog toga su SAD i uložili veto na njegov ponovni izbor za generalnog sekretara UN-a.