London ima mjesec dana da odgovori na službeno pismo žalbe koje je podnijela Komisija. Izvršna vlast EU će tada procijeniti koji odgovor će dati prije razmatranja daljnjih mjera, prenio je dpa.
Ako Komisija smatra da je odgovor nezadovoljavajući, tada ima mogućnost tužbe pred Evropskim sudom pravde sa sjedištem u Luksemburgu.
Von der Leyen je rekla da je to "prvi korak" u nizu pravnih postupaka.
Prošlog mjeseca vlada Velike Britanije priznala je da bi moglo doći do kršenja međunarodnog prava u pokušaju da prepravi Sporazum o povlačenju.
Prijedlog zakona premijera Borisa Johnsona, koji je ove sedmice usvojen na parlamentu, što je izazvalo brz odgovor EU, zanemarit će dijelove sporazuma koje je premijer potpisao još u januaru.
Sporni dio sporazuma tretira trgovinu između Irske i Velike Britanije.
"Ako ove izmjene budu usvojene, one će biti u potpunoj suprotnosti s protokolom Irske i Sjeverne Irske u Sporazumu o povlačenju", kazala je von der Leyen.
Nacrt zakona mora odobriti i britanski Dom lordova, gdje se očekuje da će naići na snažno protivljenje.