Uhapšen je u Beogradu 21. jula 2008. godine gdje je aktivno učestvovao u javnom životu kao doktor alternativne medicine Dragan Dabić, promijenivši fizički izgled tako što je pustio dugu sijedu bradu, nosio dioptrijske naočale i dugu kosu vezao u rep na vrhu glave.
Karadžić je nakon 13 godina bježanja i skrivanja uhapšen akcijom službi sigurnosti Srbije.
On je optužen za genocid nad više od 7.000 Bošnjaka u Srebrenici, progon Bošnjaka i Hrvata širom BiH, teroriziranje stanovništva Sarajeva kampanjom artiljerijskih i snajperskih napada i uzimanje pripadnika UN-a za taoce, u periodu od 1992. do 1995. godine.
Šest godina poslije njegovog hapšenja, suđenje Radovanu Karadžiću još uvijek traje pred Haškim tribunalom.
Porodice žrtava agresije i genocida u BiH, još uvijek čekaju da pravda bude zadovoljena. Opravdana je i bojazan porodica žrtava da će se ponoviti slučaj "Milošević", odnosno da će se suđenje Radovanu Karadžiću odužiti u mjeri u kojoj je trajalo suđenje bivšem predsjedniku Srbije Slobodanu Miloševiću, kojem, zbog smrti, Haški tribunal, na kraju, nikada nije presudio.
U junu 2012. godine Haški tribunal odbio je zahtjev Radovana Karadžića da na polovini suđenja bude oslobođen, ustvrdivši da su tužioci izveli dovoljno dokaza protiv njega po deset tačaka optužnice, uključujući i genocid u Srebrenici, ali ga je oslobodio optužbe za genocid u sedam općina u Bosni i Hercegovini.
Ipak, u julu 2013. godine Žalbeno vijeće Haškog tribunala odlučilo je da će se Radovanu Karadžiću suditi za genocid u sedam općina u Bosni i Hercegovini (Bratunac, Foča, Ključ, Prijedor, Sanski Most, Vlasenica i Zvornik.) počinjen 1992. godine nad Bošnjacima i Hrvatima, uz postojeću optužnicu za genocid u Srebrenici 1995. godine.
