Kao vjerodostojne dokaze sud je tada ocijenio niz Šešeljevih huškačkih ratnih izjava kao i svjedočanstva žrtava o Šešeljevim govorima među kojima stanovnika vojvođanskih sela koji su čuli njegova "upozorenja" da je vrijeme da se odsele ili direktorice vukovarske bolnice Vesne Bosanac koja ga je slušala na radiju kako potpiruje svoje dobrovoljce.
Vijeće je tada zaključilo da raspolaže s dovoljno dokaza da je Šešelj "sustavno omalovažavao Hrvate i muslimane" nazivajući ih uvredljivim i pogrdnim nazivima poput "ustaše" i "balije", kao i da je širio atmosferu straha te da je dostatno dokazano da je poticao svoje dobrovoljce na ostvarivanje njegove "nacionalističke ideologije svim sredstvima" i da je Šešelj smatrao da se ti ciljevi mogu ostvariti "jedino protjerivanjem nesrba".
Šešelj je također bio svjestan da će nakon njegovih huškačih govora uslijediti zločini a sudsko vijeće smatralo je i da ima dovoljno dokaza i o njegovoj kriminalnoj namjeri progona. Sud je, odbijajući tada Šešeljev zahtjev za odbacivanjem optužnice, zaključio i da je dokazana uzročno-posljedična veza između njegovih govora i zločina.
Tužilaštvo tereti Šešelja da je, zajedno s drugim sudionicima zločinačkog pothvata predvođenog bivšim jugoslavenskim predsjednikom Slobodanom Miloševićem, pokušao uspostaviti novu srpsku državu na dijelovima Hrvatske, BiH i same Srbije kroz progon pod patronatom države, koji je uključivao ubistva, deportacije, zlostavljanja, pljačku i uništavanje imovine Hrvata i muslimana.
Optužen je u devet tačaka za zločine protiv čovječnosti i povrede ratnog prava i običaja u BiH i Hrvatskoj, a posebno za masakre na Ovčari i u Voćinu te progon Hrvata iz Vojvodine. Ideju "velike Srbije" sa zapadnom granicom Virovitica-Karlovac-Karlobag zagovarao je u javnim nastupima, a svojom je ekstremnom retorikom mobilizirao i poticao na progon Hrvata i muslimana ne samo sebi podređene stranačke dobrovoljačke oružane jedinice, nego i drugih srpskih snaga, smatra tužilaštvo.
Tokom dokaznog postupka koji je započeo 2007. tužitelji su kao svjedoke izveli brojne žrtve, uključujući preživjele masakra na Ovčari i u Voćinu u kojem su sudjelovali Šešeljevi dobrovoljci. Svjedočili su i prognani Hrvati iz vojvođanskog mjesta Hrtkovci koji su se nakon njegova govora u Skupštini u Beogradu u aprilu 1992., kada se zauzeo za progon Hrvata iz Vojvodine, te njegova mitinga u Hrtkovcima u maju '92. na kojem je čitan popis Hrvata i Mađara koji moraju otići, počeli iseljavati u strahu i uz prijetnje. Iz Hrtkovaca je odselilo oko 700 od 1000 Hrvata, a Hrtkovci su preimenovani u Srbislavce.
Svjedoci na sudu prenijeli su svoj strah od posljedica njegovih istupa u kojima se primjerice hvalio kako hrvatsko i muslimansko stanovništvo u BiH ne spava danima u strahu od srpskog četničkog pokreta koji je vodio.
O zločinu na Ovčari i progonu Hrvata na njegovu suđenju govorili su i tadašnja direktorica vukovarske bolnice Vesna Bosanac, forenzičar Davor Strinović koji je svjedočio o ekshumacijama na Ovčari i psihologinja Višnja Bilić iz Uprave hrvatske vlade za zatočene i nestale koja je govorila o potrazi za žrtvama rata u Hrvatskoj.
Dokazujući masakr u Voćinu u kojem je u decembru 1991. ubijeno više od 40 Hrvata, svjedoci, neki i pripadnici Šešeljevih dobrovoljaca opisali su kako je Šešelj u novembru 1991. u Voćinu ohrabrivao svoje dobrovoljce, a hrvatski policajac Đuro Matovina posvjedočio je kako je i istraga tada pokazala da su u zločinu sudjelovali "Šešeljevci". Stanovnici Voćina opisivali su dolazak srpskih dobrovoljaca i zlostavljanja Hrvata koja su prethodila masakru, kao i svoj bijeg iz Voćina.
Tužilaštvo je izvelo i nekoliko eksperata koji su analizirali njegovu ideologiju stvaranja velike Srbije, te njegovih gotovo 400 govora i javnih nastupa od 1991. do 1994. u kojima je zagovarao nasilje nad drugim narodima.
Panika u Kijevu: Prvi put od ruske invazije ukrajinski parlament otkazao sjednicu
